Com estrutura operacional posicionada estrategicamente em polos portuários e com bases administrativas em regiões influentes para toda a América Latina, como a unidade de São Paulo.
A unidade de Belém contempla uma área portuária de 145.000m², sustentando o redespacho de produções que vêm de Manaus e que têm como destino todas as regiões do Brasil. O Back Office da Combitrans está localizado na cidade de Orlândia, no Estado de São Paulo.
O complexo de Manaus faz parte de uma área portuária de 80.000m², onde é realizada coleta de mercadorias na Zona Franca de Manaus e a entrega de produtos para abastecimento do município e do seu polo industrial.